开发新一代METAL SLUG(也就是SV-001)的研究所又莫名其妙地受到不明的袭击了。 

        这次记录著METAL SLUG的资料光碟全部被夺走，一乾二净。有鉴於过去只要有人(例如叛乱军)抢起METAL SLUG绝对代表没好事会发生， Marco 和Tarma在第一时间 接到了资料夺回命令，并追踪其下落。 

        另一方面、正在调查Ptolemaic Army组织(Ptolemaic的意思为托勒密，详见下方注解)的Eri和Fio，成功调查到了该组织目前位於一个古老的遗迹「火之回廊」内。虽然她们曾试图进入遗迹内并尝试镇压，但这条必经的路线被当地的原住民和一台巨大的METAL SLUG给阻挡。由这台该死的特大号红色SV-001攻击事件，足以证明Ptolemaic Army是夺取METAL SLUG资料的组织。 

        正规军队为了将资料夺回并将组织消灭、决定由PF与SPARROWS的精锐部队执行「火之回廊」的再度进攻作战计划。